نظر به اهمیت امر خطیر قضا و فلسفه وجودی دانشگاه علوم قضایی مبنی بر جذب و تربیت بخشی از قضات آینده کشور، داوطلبان تحصیل در دانشگاه علوم قضایی و خدمات اداری مورد گزینش قرار می گیرند. تا سال 1393 فرآیند گزینش دانشجو در دانشگاه علوم قضایی و خدمات اداری بر اساس قانون گزینش معلمان و کارکنان آموزش و پرورش مصوب 74/6/14 و آیین نامه اجرایی قانون گزینش کشور مصوب 77/5/25 توسط هسته گزینش دانشگاه انجام می شد که زیر نظر هیأت مرکزی گزینش قوه قضاییه و هیأت عالی گزینش فعالیت می کرد. با توجه به دریافت ابلاغ قضایی توسط دانشجویان این دانشگاه پس از قبولی و در بدو شروع به تحصیل و در راستای اصلاح ساختار گزینش دانشگاه، در دی ماه 1393 هسته گزینش دانشگاه منحل و دفتر گزینش قضات قوه قضاییه مستقر در دانشگاه علوم قضایی جایگزین آن شد که زیر نظر اداره کل گزینش قوه قضاییه و مطابق آیین نامه نحوه جذب، گزینش و کارآموزی داوطلبان تصدی امر قضاء و استخدام قضات مصوب 92/2/26فعالیت می نماید. گزینش کارمندان اداری دانشگاه نیز در هسته گزینش ستادی قوه قضاییه انجام می گردد.